История основания маяка на острове Фидониси (ныне остров Змеиный) неразрывно связана с эволюцией гидрографической службы Черноморского флота. Чтобы обеспечить безопасность мореплавания, в 1814 году на Черноморском флоте была создана так называемая Дирекция маяков. Одной из основных задач, возложенных на эту структуру, было создание целой сети маяков, для чего была разработана обширная программа их капитального строительства вдоль всего побережья Черного и Азовского морей.
Маяк на Змеином был возведен летом 1843 года. Тогда же на нем впервые загорелся огонь…
Башня маяка, представляющая собой восьмигранное сооружение высотой 12 метров и совмещенная с жилым домом, была воздвигнута на самом высоком месте острова. Основание башни вознесено на 40 метров над уровнем моря.
В то время обслуживающий персонал маяка комплектовался из пяти-восьми человек, как правило, военнослужащих, включая и наблюдателей-метеорологов. Работы по строительству маячного городка велись достаточно долго — с 1843 по 1856 годы, что было связано с Крымской войной.
Во второй половине ХІХ века существенно возросло количество судов, идущих в Одессу — главные морские ворота юга России. Поэтому маяк на Змеином вновь стал важной вехой на пути из Европы в Азию. В связи с этим перед Морским министерством и Дирекцией черноморских маяков была поставлена задача — значительно повысить безопасность мореплавания в северо-западной части Черного моря. Возникла необходимость увеличить дальность действия маяков, в том числе и на Змеином, путем замены старых маячных аппаратов на новые, светооптические. В 1860 году в Англии были заказаны аппараты с фонарными сооружениями, и через два года один такой аппарат был установлен и на острове.
В начале 90-х годов, с появлением керосиновых установок, обладающих большей силой света, на маяке Фидониси была установлена одна из них. Однако вскоре в Европе стали повсеместно применяться светооптические аппараты с вращающейся оптикой. На острове Змеином неподвижная линза Френеля была заменена вращающимся аппаратом из плоских линз. Огонь маяка Фидониси стал белого цвета. Дальность видимости его возросла до 20 миль.
Поистине трагические времена выпали на долю маяка в период обороны и освобождения Одессы от фашистских захватчиков, когда сначала советская авиация неоднократно бомбила маяк, служащий хорошим ориентиром для вражеских кораблей и подводных лодок, а затем вывести его из строя пытались и отступающие немецкие войска. В результате навигационному сооружению был нанесен серьезный ущерб. Однако уже к концу 1944 года, благодаря стараниям бойцов Одесского манипуляторного отряда под командованием капитан-лейтенанта В.Штапенко, маяк на Змеином был снова введен в строй.
После окончания Великой Отечественной, в 1949 году к восстановлению маяка были привлечены лучшие специалисты маячной мастерской Черноморского флота.
Завершение реконструкции маячного городка сменилось периодом насыщения его новой техникой. Исходя из количества навигационной техники, установленной на маяке, в 1953 году ему был присвоен второй класс.
12 января 1973 года, произведя замеры интенсивности электромагнитных излучений в жилых, служебных помещениях, на территории городка и маяка, специальная комиссия пришла к выводу, что она во много раз превосходит допустимые уровни. Встал вопрос о сооружении биологической защиты для обслуживающего персонала. К сожалению, в то время он не был решен из-за сложности работ и больших капитальных затрат.
Тогда руководство гидрографической службы Черноморского флота позаботилось об установлении на маяке автоматизированной техники. И в 1975 году она была установлена. В 1984 году на Змеином появился опытный образец нового радиомаяка кругового излучения, а в 1988 году — уже серийный радиомаяк типа КРМ-300. Сегодня на маяке есть лишь одна штатная должность — техника. И по сей день маяк на древнем острове Фидониси служит надежным ориентиром для современных мореплавателей.