Вчені вивчили 560 кісток і зубів давніх людей, що жили на території сучасної Росії, Угорщини, Хорватії, країн Балтії та Німеччини. Вони знайшли шість осіб, які жили в період 4800-3700 років тому і хворіли чумою. Одна з них була з Північного Кавказу, ще одна - з Хорватії, двоє з Німеччини, та двоє - з Литви та Естонії. Дослідники реконструювали і проаналізували геноми Y. pestis, виділені з останків усіх шістьох, і порівняли їх з ДНК сучасних культур чумної палички.
Виявилося, що різновиди Y. pestis розділилися близько шести тисяч років тому. Ґрунтуючись на результатах аналізу ДНК, дослідники пропонують два можливих сценарії появи чуми в Європі в період 4800-3700 років тому. Відповідно до першого з них, чумну паличку приносили кілька разів між п'ятьма і трьома тисячами років тому, мабуть, з Центральної Євразії. Імовірно, за період близько тисячі років хвороба з'являлася в Європі як мінімум чотири рази: двічі в Німеччині і по одному разу в Естонії, і в Литві і Хорватії. За другим сценарієм бактерію занесли в Європу з Центральної Євразії лише один раз, і потім вона тут зберігалася і періодично ставала причиною спалахів чуми. Можливо, з Європи Y. pestis "повернулася" в Центральну Євразію.
Автори дослідження підтримують другий сценарій розвитку подій. Вони вважають, що чумна паличка з'явилася у Литві і Хорватії разом зі степовиками, які мігрували з Центральної Євразії в Східну Європу 4800-4600 років тому. Потім бактерія потрапила в Центральну Європу: Y. pestis, яку знайшли в Німеччині, пішла від чумної палички, що поширилася в Литві. А наймолодшою виявилася бактерія, знайдена на території Росії. Вона пішла від центральноєвропейської лінії 3700-3500 років тому, і, можливо, "переїхала" з Європи на південь Сибіру.
Раніше вчені встановили, що перша пандемія чуми була на Землі ще в V-IV тисячолітті до нашої ери. В ході досліджень було виявлено, що сім чоловік були заражені чумною паличкою. Упорядкувавши геном чумних паличок, вчені прийшли до висновку, що шість найдавніших з них не були схожі на середньовічну бубонну чуму, звану "чорною смертю": у даних бактерій були відсутні гени pla і ymt, що грають ключову роль у поширенні чуми.