Автор более 350 научных работ (в том числе 18 монографий), в которых исследованы, обобщены и обоснованы пути решения актуальных проблем формирования современной государственной региональной политики, экономики природопользования и развития производительных сил Украины в контексте с новыми экономическими и политическими условиями.

Стал основателем научных направлений макроэкономической политики, национальной безопасности, эколого-экономической политики, экономики природопользования и охраны окружающей среды, региональной экономики, экономики природно-техногенной и экологической безопасности.

Данилишин занимал № 38 среди самых цитируемых ученых Украины по данным "Библиометрики украинской науки".

Член редколлегии научных журналов "Экономика Украины", "Финансы Украины"; "Региональная экономика".