Пандемия чумы, которую часто называют Черной смертью, началась в Европе в середине XIV века и продолжалась до конца XVIII века. По разным оценкам, во время первой вспышки болезни (1347-1353) погибло от 30 до 50% населения континента. Впоследствии чума начиналась каждые 10-15 лет в разных странах Европы. Известно, что чума относится к зоонозам, то есть передается от животных (грызунов) к человеку, а одним из переносчиков инфекции являются крысиные блохи. Животные являются естественным резервуаром чумной палочки Yersinia pestis.
В ходе нового исследования ученые отсеквенировали пять геномов чумной палочки, которые они обнаружили в захоронениях середины XIV века во Франции, Бельгии, Нидерландах и Норвегии, и сравнили их с последовательностями 126 современных геномов и 14 уже опубликованных средневековой чумной палочки.
В результате исследователи пришли к выводу, что Y.pestis периодически приезжала в Западную Европу, вероятно по торговым путям, вместе с товарами. Оказалось, что геном чумной палочки, найденный в останках из Италии, из Тосканы, отличался от ДНК других средневековых штаммов. Исследователи предположили, что возможно, эта разновидность бактерии приехала с торговыми кораблями в Пизу, а оттуда попала в другие регионы Италии.
Геном чумной палочки, который был обнаружен в Нидерландах, соответствовал геномам бактерий, найденных в Лондоне и Булгаре. В обоих городах эпидемия началась в 1360-х годах. При этом, чума могла попасть в Лондон из Булгара или Новгорода, которые в те времена были крупными центрами по торговле мехом. Еще одним маршрутом, по которому чумная палочка могла оказаться в Европе, был торговый путь из того же Булгара в черноморскую Каффу (ныне Феодосия), а оттуда - в страны Южной Европы.
Ранее ученые установили, что первая пандемия чумы была на Земле еще в V-IV тысячелетии до нашей эры. В ходе исследований было обнаружено, что семь человек были заражены чумной палочкой. Упорядочив геном чумных палочек, ученые пришли к выводу, что шесть самых древних из них не были похожи на средневековую бубонную чуму, называемую "черной смертью": у данных бактерий отсутствовали гены pla и ymt, играющие ключевую роль в распространении чумы.