Дія нової частини гри перенесено з Чикаго до Сан-Франциско. Маркус, протагоніст Watch Dogs 2, звинувачений у злочині, якого не скоював. ctOS 2.0 - нова версія глобальної операційної системи - помилково занесла його до списку небезпечних злочинців. Маркус стає хакером, зламує базу даних, щоб відредагувати інформацію про себе, а потім знаходить однодумців в особі DedSec - організованого угруповання комп'ютерних зломщиків. Разом вони починають хрестовий похід проти системи.
ctOS 2.0 охоплює практично будь-яку електроніку в місті, і зламати тепер можна не тільки комп'ютери, смартфони або двері гаражів. Крім того, у розпорядженні Маркуса є маленький наземний робот і квадрокоптер, які допомагають йому розвідувати місцевість і зламувати ті пристрої, до яких він не може дістатися сам.
У вересні компанія GSC Game World випустила нову частину легендарних "Козаків".