У ході дослідження вчені взяли віруси папіломи людини і приматів, доповнили їх новими, а потім побудували філогенетичні дерева. Виявилося, що близькоспоріднені патогени можуть мешкати у далеких один від одного господарях (наприклад, в людині і макаках) і навпаки, в одному хазяїні можна зустріти далекі один від одного штами. Дослідники пояснюють це нішовою спеціалізацією всередині господарів: ситуацією, коли предкові віруси спершу спеціалізувалися в межах загального предка мавп з різних тканин і зайняли кожен свою екологічну нішу, і вже потім кожна з отриманих ліній еволюціонувала незалежно від інших разом з господарем.
Потім дослідники більш детально простежив еволюцію вірусу HPV16, який може викликати онкологічні захворювання у людей і їхніх предків. Вчені проаналізували дані по 212 повним геномам цього штаму і 3256 частковим послідовностям, ізольованим у людей різного походження і виявили глибокі відмінності між вірусами, зарактерными для африканців і жителів Євразії і Америк.
У результаті було встановлено, що розділення вірусів сталося приблизно 500 тисяч років тому, тобто задовго до міграції предків людини за межі Африки. На думку дослідників, це пов'язано з розділенням неандертальців і предків людини. Останні могли одержати вірус після довгого періоду ізоляції, який тривав близько 400 тисяч років.
Раніше вчені встановили, що гени неандертальців викликають депресії, нікотинову залежність і захворювання шкіри у сучасних людей.