Довгий час дослідники вважали, що острів був безлюдний, але нові дані свідчать про те, що 3,5-2,3 тисячі років тому сюди активно навідувалися люди. На думку дослідників, це були жителі острова Серам, який знаходиться в 100 кілометрах на схід Пулау Ай. Ймовірно, їх приваблювала морська живність, що мешкала на кораловому рифі, і, можливо, вони вирощували рослини і тварин на острові. Приблизно 2,3 тисячі років тому острів з невідомих причин закинули, і близько 800 років він залишався ненаселеним. Пізніше люди стали жити тут постійно, можливо, це були переселенці з того ж острова Серам.
Вчені провели розкопки неолітичної стоянки, яка розташовувалася на південному сході острова, і виявили на ній кам'яні знаряддя праці, кістки диких і одомашнених тварин і керамічні черепки. Судячи зі знахідок, жителі поселення їли багато риби та вирощували свиней. Також в тонкостінних посудинах вони зберігали запаси питної води. На кількох черепках, які вчені знайшли в найстарішому шарі віком приблизно 3,5 тисяч років, вчені знайшли залишки зерен крохмалю декількох видів рослин. Серед них були кілька видів ямсу, сагова пальма, один з видів бананів і мускатник запашний. Незрозуміло, вирощували чи стародавні остров'яни мускатний горіх, або використовували плоди диких рослин.
Раніше вчені з Університету Катанії і Каїрського університету вивчили об'єкти, які були знайдені в гробниці Саккара біля Каїра, і виявили в ній зразки найдавнішого в світі твердого сиру.