Відзначається також, що аналіз спектрів та математичне моделювання показали, що кисень на Юпітері міститься в основному в формі води і монооксиду вуглецю; вченим також вдалося оцінити кількість юпітеріанського кисню - його в газовому гіганті більше, ніж у Сонці в два-дев'ять разів.
Раннє формування ядра, а також велика кількість води на супутниках Юпітера давали підстави припустити, що і на самому Юпітері є вода, однак зонд, спущений космічним апаратом "Галілео" у 1995 році у хмари Юпітера, не виявив у них води. Разом з тим, дослідники припускають, що зонд міг потрапити в "сухий" регіон планети.
Спостереження і аналіз атмосфери Юпітера ускладнюються тим, що водень і метан, з яких в основному складається атмосфера планети, поглинають більшу частину випромінювання планети, за яким можна судити про наявність інших газів. В ході нового дослідження вчені спостерігали Юпітер в діапазоні 4,6-5,4 мкм - на цих довжинах хвиль поглинанням водню і метану можна знехтувати.
Раніше вчені припустили, що Юпітер викинув із Сонячної системи іншу велику планету. На думку вчених, зникла планета ставилася до того ж класу, що і Нептун і Уран. Вона була гігантом, але не газовим гігантом, як Юпітер і Сатурн, а крижаним – набагато більш щільним і масивним. Юпітер міг викинути цю планету Сонячної системи під час близького сходження.