Комітет ПАРЄ з правових питань та прав людини перерахував ряд "серйозних побоювань" з приводу його незалежності та ефективності.
Комітет, схваливши доповідь Емануеліса Зінгеріса (Литва) на зустрічі в Парижі, прийшов до висновку, що "не всі відповідні аспекти справи були розглянуті, і повна правда не була розкрита". Зокрема, наводяться наступні посилання:
- нездатність ідентифікувати і знайти можливі відеодокази, в тому числі від Федеральної служби охорони Росії, яка відповідає за безпеку Кремля;
- неможливість допитати можливих свідків, в тому числі тих, хто був помічений на мосту під час стрілянини, і водіїв відомих транспортних засобів;
- "порушення, невідповідності і неправдоподібності" в судово-медичній експертизі, що стосується виявлених куль і гільз, а також поранень, отриманих Нємцовим;
- "суттєві невідповідності і протиріччя" в показаннях основних свідків;
- ряд порушень при проведенні судового розгляду, в тому числі звільнення присяжних за помилковими або слабкими підставами.
У проекті резолюції комітет також вказав, що двоє з причетних до вбивства чоловіків, бойовик Заур Дадаєв і водій чеченської армії Руслан Мухудінов, які, імовірно, заплатили 15 мільйонів рублів за вбивство, були "тісно пов'язані з вищою військовою і політичною владою в Чечні".
Є дуже малоймовірним, що ці люди "могли або могли б провести складну операцію з публічного вбивства видної політичної особистості в центрі Москви без, принаймні, попереднього знання і схвалення, якщо не прямих вказівок своїх ієрархічних начальників", - сказав комітет.
Мотив, що приписується Мухудінову за вчинення злочину, "не підтверджується ніякими доказами", і не було ніякого пояснення того, як він отримав гроші, щоб заплатити вбивцям.
Доповідач запропонував державам, які прийняли "закони Магнітського", розглянути питання про включення в список осіб, які підлягають покаранню, "тих, хто несе відповідальність за нездатність прийняти необхідні слідчі заходи, необхідні для встановлення підбурювачів і організаторів вбивства Бориса Нємцова".
Доповідь повинна бути обговорена на пленарному засіданні Асамблеї 27 червня в Страсбурзі.
27 лютого 2015 року Борис Нємцов був убитий на Великому Москворецькому мості у центрі Москви чотирма пострілами у спину в момент, коли гуляв там із дівчиною. Його супутницею була українська модель Анна Дурицька. Вбивці були встановлені та отримали тривалі терміни ув'язнення, а от замовника слідство так і не назвало.
Доповідь "Путін. Війна" стала останнім дослідженням, над яким працював російський опозиціонер. Після вбивства Нємцова, роботу над документом закінчили його товариші по опозиції.
Лише одна з 15 друкарень погодилася надрукувати доповідь "Путін. Війна". Співавторам доповіді може загрожувати кримінальне переслідування за поширення "завідомо неправдивої інформації", проте іноземні ЗМІ вважають, що доповідь Нємцова може подіяти на росіян, тому що її написано в Росії.
На 64 сторінках дослідження наводяться свідоцтва, які раніше не публікувалися в ЗМІ, та власні дані Нємцова про участь регулярних військ РФ у збройному конфлікті на сході України.