В ходе исследования ученые взяли вирусы папилломы и человека и приматов, дополнили их новыми, а затем построили филогенетические деревья. Оказалось, что близкородственные патогены могут обитать в далеких друг от друга хозяевах (например, в человеке и макаках) и наоборот, в одном хозяине можно встретить далекие друг от друга штаммы. Исследователи объясняют это нишевой специализацией внутри хозяев: ситуацией, когда предковые вирусы сперва специализировались внутри общего предка обезьян по разным тканям и заняли каждый свою экологическую нишу, и уже потом каждая из получившихся линий эволюционировала независимо от остальных вместе с хозяином.
Затем исследователи более подробно проследили эволюцию вируса HPV16, который может вызвать онкологические заболевания, у людей и их предков. Ученые проанализировали данные по 212 полным геномам этого штамма и 3256 частичным последовательностям, изолированным у людей разного происхождения и обнаружили глубокие различия между вирусами, зарактерными для африканцев и жителей Евразии и Америк.
В результате было установлено, что разделение вирусов произошло примерно 500 тысяч лет назад, то есть, задолго до миграции предков человека за пределы Африки. По мнению исследователей, это связано с разделением неандертальцев и предков человека. Последние могли получить вирус после долгого периода изоляции, который длился около 400 тысяч лет.
Ранее ученые установили, что гены неандертальцев вызывают депрессии, никотиновую зависимость и заболевания кожи у современных людей.