Новое пятно простирается на 24 тысячи километров вдоль параллелей планеты и на 12 тысяч – вдоль меридианов. Пятно расположено на уровне термосферы Юпитера, температура здесь на 200 К ниже, чем в атмосфере. Большое холодное пятно намного более подвижно, чем медленно изменяющееся Большое красное, оно меняет и форму, и размеры за время порядка недель, а то и дней. Если же пятно исчезает, то ненадолго. В ходе исследования ученые изучили данные наблюдений за 15 лет и установили, что пятно появлялось снова и снова.
По мнению исследователей, появление Большого холодного пятна связано с действием мощных полярных сияний в атмосфере Юпитера. При этом в ней высвобождается дополнительная энергия, которая в виде "тепловой волны" охватывает всю планету. В то же время в самых верхних слоях термосферы эти процессы ведут к возникновению холодного пятна, которое постепенно рассеивается "волной холода". Однако пока этого не произошло, в нем также могут появляться вихри, вызывающие потемнение на снимках атмосферы Юпитера.
Ранее ученые предположили, что Юпитер выбросил из Солнечной системы другую крупную планету. По мнению ученых, исчезнувшая планета относилась к тому же классу, что и Нептун и Уран. Она была гигантом, но не газовым гигантом, как Юпитер и Сатурн, а ледяным – гораздо более плотным и массивным. Юпитер мог выбросить эту планету из Солнечной системы во время близкого схождения.