Із радикалізацією суспільно-політичних відносин в українських воєводствах Речі Посполитої постало питання про створення вищої школи, покликаної навчити й виховати майбутню політичну і культурну еліту краю.
Саме таке завдання поставив 1632 року перед колегіумом, який щойно відкрився, Петро Могила. Про те, наскільки успішно воно було виконане, сказано чимало. З дітища митрополита вийшли гетьмани Іван Виговський, Іван Мазепа, Пилип Орлик, митрополит Київський, Галицький і всієї Малої Росії Варлаам (Ясинський), архімандрит Києво-Печерської лаври Інокентій Ґізель, козацький літописець Самійло Величко, співець українського бароко архітектор Іван Григорович-Барський, засновник сербської вищої школи Мануїл Козачинський і багато інших.
Та з другої половини XVIII ст. починається занепад Київської академії. Спершу практично непомітний, а потім чимдалі виразніший. Спричинили його зміни в середовищі, яке живило вищу школу й задавало вектор її розвитку. Давно вже згасли богословські полеміки з уніатами, відгриміли козацькі війни, були страчені або опинилися у вигнанні патріоти мазепинської доби - Київ і Лівобережна Україна міцно ввійшли в орбіту "единоверного русского мира". Від академії вже не вимагали виховання українсько-козацької еліти, на порядок денний висувалися інші завдання, пов'язані з розвитком краю, вирішувати які київська вища школа чимдалі ставала все менш і менш спроможною.
Криза давалася взнаки не тільки в застарілій організації навчання, у відсталих від життя програмах, а й у матеріальному забезпеченні студентів. Якщо в XVII ст. академія отримувала значні пожертви від приватних осіб, то століття по тому це джерело фінансування практично повністю висохло.
Матеріальна скрута найбільше зачепила незаможних вихованців, які мешкали в спеціальному гуртожитку - бурсі. Практично не маючи коштів на своє утримання, ці студенти були в повному розумінні слова "злиденною братією" (так називали себе самі бурсаки, причому навіть в офіційних документах).
Терплячи дошкульні холод і голод, ці нещасні часто могли прохарчуватися тільки "проханим хлібом", коли компанією або поодинці вирушали вулицями Києвоподолу збирати подаяння міських обивателів. Можна собі уявити, скільки мук переживали "христарадники", гірко відчуваючи нелюбов киян до себе - прохачів (не плутати з юродивими й жебраками перед церквами, яких парафіяни завжди щедро обдаровують). Бажаючи викликати більше співчуття, бурсаки під час таких ходінь співали духовні канти. Невипадково на бурсацькому жаргоні слова "співати" й "просити" були синонімами. Зрозуміло, вигляд голодних, вбраних у ганчір'я бурсаків, які співають божественних пісень, був сповнений найсумнішого комізму. І хоча в декого він викликав глибоке співчуття, дуже часто з прохачів уїдливо глузували, а деколи й жорстоко знущалися.
1 липня 1754 року бурсак Костянтин Ільнецький о дев'ятій годині вечора подався "як водиться звичайно, для прокорму свого співати" у Свято-Василівську парафію. (Парафіяльна церква Василя Великого була вбудована в огорожу Флорівського монастиря з боку сучасної Притисько-Микільської вулиці; зруйнована під час Великої пожежі 1811 р.) Щойно академіст зупинився перед ворітьми одного будинку, як до нього підійшов настоятель Василівського храму отець Павло Лобко й запросив до себе в дім. "Хто ти? Звідки? Навіщо вулицями тиняєшся?" - почав розпитувати священик. - "Я з бурси, співати зі скрути зайшов", - скромно відповів голодний студент.
Не вступаючи в подальші розмови, отець Павло вивів Ільнецького з дому надвір, скликав людей і наказав ковалеві зараз же закувати бурсака. Поки майстер розкладав інструмент, священик, розпаляючись, сам почав шмагати христорадника. "Я маю настанову від Її Імператорської Величності таких бурлак допитувати, а допитавши, у Москву відсилати!" - волав розлючений панотець.
Нарешті стомившись, Лобко доручив Ільнецького двом сторожам. Коваль прикував академісталанцюгом до якоїсь колоди в хліву і, глузливо побажавши на добраніч, пішов. Нещасний побитий бурсак уже давно забув про голод і помишляв тільки про те, як би йому не зашкодили ще більше. Дочекавшись, поки вартові поснуть, він вирвав з колоди ланцюг і з цією несподіваною "прикрасою" помчав у бурсу.
Наступного дня Ільнецький поскаржився префектові академії, той переправив повідомлення в Духовну консисторію. Там у присутності понятих постраждалого оглянули, при цьому було виявлено, що "від ланцюжного ковання вкруг поперек червонуватий, і по якихось місцях три смуги від биття канчуком [батогом]".Але далі огляду справа так і не пішла. Отця Павла Лобка не покарали, і він міг і далі безперешкодно збиткуватися з академістів. І якщо з нещасними "співаками" так чинили священики, то що вже казати про простих обивателів?
Шастаючи міськими вулицями з протягнутою рукою й тужливим "співанням", майже нічого не отримуючи, крім образливих кпинів і грубої лайки, бурсаки, щоб хоч якось утамувати голод, вільно чи невільно змушені були красти. Академічне начальство дивилося на такі подвиги досить поблажливо. Головне, щоб виконувалися два неписані правила: а) не красти в товаришів; б) не попадатися на гарячому. Тих, хто порушив хоч один із цих приписів, карали різками й виключали зі студентів.
Заради справедливості, слід визнати, що таке потурання з боку адміністрації було заходом вимушеним - інакше студенти могли просто померти з голоду. Фактично заохочувані своїми наставниками, академісти перетворили злодійське ремесло на систему з чітко окресленими обов'язками, територіями, часом "роботи" і правилами розподілу здобичі - усім тим, що характеризує організовані банди.
Така вольниця тривала до листопада 1769 року, коли в результаті розбійного нападу загинуло двоє солдатів Київського гарнізону. Винних не знайшли, але результатом події стало наполегливе "прохання" київського генерал-губернатора Федора Воєйкова, адресоване Духовній консисторії, втихомирити студентів, що аж так розперезалися.
Консисторія 8 грудня 1769 року видала указ про заборону учням з'являтися на вулиці в нічний час. Спійманих після встановленої години карали батогом і виганяли з академії. Такий захід хай зовсім трохи, але допоміг зупинити розбійницьке безчинство, що панувало на вулицях Подолу.
Тяжкі умови побуту згубно впливали на поведінку студентів. Вони притупляли почуття - академісти ставали якимись напівдикими, і в середовищі колись товаришів панував розбрат. Делікатності, ввічливості, взаємоповаги між юнаками не було й близько, навпаки, сварки та бійки були їхніми постійними супутниками.
17 березня 1751 року ритор (6-й клас навчання) Іван Ярмоленський із двома товаришами, які, до слова, учнями академії не були, подалися "ставити пастку" (так тоді називали залицяння). Об'єктом їхньої цікавості була служниця київського міщанина Михайла Перепечая. Однак здійсненню донжуанського плану завадили добрі знайомі Перепечая - ритори Павло Навроцький і Потап Мазолевський, які теж накинули оком на дівчину. Між парубками виникла перепалка, яка перейшла в бійку.
Чисельна перевага була за Ярмоленським і компанією, а тому Навроцький і Мазолевський відступили й замкнулися в будинку Перепечая. На їхнє лихо хазяїна не було вдома, діти ж і слуги допомогти впоратися зі знахабнілою трійцею ніяк не могли. Переслідувачі, озброївшись поліняччям, увірвалися в дім, спіймали Навроцького (Мазолевський покинувши товариша, втік) і так побили його, що в нещасного конкурента на голові виявилося кілька ран, очі були підбиті, а ліва рука й великий палець правої зламані.
Така картина злякала самих забіяк, і вони кинулися врозтіч. Навроцький, однак, не звертаючи уваги на нестерпний біль і кровотечу, почав переслідувати Ярмоленського з криками: "Рятуйте!". Якийсь солдат упіймав утікача і, допомагаючи Навроцькому, повів задерія під арешт. Коли трійця проходила повз Добро-Микільську церкву, затриманий, знаючи, що там перебувають академісти і сподіваючись, що його сприймуть за скривдженого, заволав: "Караул!". До честі студентів, які вибігли, вони швидко розібралися в ситуації і самі зголосилися взяти Ярмоленського під варту.
День по тому, 19 березня, префект академії допитав арештанта, оглянув рани Навроцького і передав справу на суд викладачів. Збори вчителів ухвалили покарати Ярмоленського різками й вигнати з академії.
Павло Навроцький витратив на своє лікування велику на ті часи суму - десять рублів. Він зміг отримати компенсацію однієї третини своїх витрат від Ярмоленського; інші ж двоє кривдників, перебуваючи поза юрисдикцією Духовної консисторії, залишилися без покарання.
Зрозуміло, все сказане стосується передусім студентів - вихідців з бідних родин. Але серед академістів була й інша група вихованців - сини козацької старшини й багатої шляхти. Ці спудеї трималися осторонь від нижчих за становим походженням товаришів. Іноді вони наймали такого сірому за прислужника, годували, вдягали його, але ніколи (!) не зближувалися з ним як із рівним. Це явище, цілком природне за кріпосного права, підтримувало й академічне начальство. Самі професори виділяли паничів як особливо привілейований клас навіть офіційно, у ділових паперах.
Такий становий підхід не міг не поглибити академічну кризу. До початку XIX ст. становище вищої школи ще більше погіршилося, і, попри зусилля деяких її випускників, котрі мріяли про перетворення своєї alma mater на сучасний університет, Київська академія остаточно спікірувала в Духовну академію.