Автор понад 350 наукових праць (зокрема 18 монографій), у яких досліджені, узагальнені й обґрунтовані шляхи вирішення актуальних проблем формування сучасної державної регіональної політики, економіки природокористування та розвитку продуктивних сил України в контексті з новими економічними і політичними умовами.

Став фундатором наукових напрямів макроекономічної політики, національної безпеки, еколого-економічної політики, економіки природокористування та охорони навколишнього середовища, регіональної економіки, економіки природно-техногенної та екологічної безпеки.

Данилишин посідав № 38 серед найцитованіших науковців України за даними «Бібліометрики української науки».

Член редколегії наукових журналів "Економіка України", "Фінанси України"; "Регіональна економіка".