Перші власники нових iPhone 6S і iPhone 6S Plus скаржаться на численні проблеми в роботі смартфонів, зокрема, на перегрів кнопки Home, труднощі з роботою Touch ID, поганий звук з динаміків, проблеми з 3D Touch і випадкові вимикання пристрою.
В першу чергу власники "яблучних" смартфонів зіткнулися з перегрівом кнопки Home. У разі перегріву Touch ID перестає реагувати на дотики. Проблема вирішується примусової перезавантаженням гаджета.
Також багато власники повідомляють про низьку якість звуку з динаміків. Деякі також повідомили, що iPhone 6S періодично відтворює рінгтон дзвінка через не ті динаміки і неправильної гучності.
Несправність є і в роботі з 3D Touch. Наприклад, Safari відмовляється відкривати посилання звичайним тапом, а не посиленим. Проблема також на деякий час вирішується перезавантаженням гаджета.
До всього цього власники iPhone 6S і iPhone 6S Plus скаржаться на випадкові виключення девайса при досить високому заряді батареї.
Як зазначають ЗМІ, майже всі проблеми більше схожі на помилки в програмному забезпеченні пристрою, ніж на брак в "начинці" самого iPhone 6S.
Apple випустила iOS 9 16 вересня. Майже відразу після запуску користувачі почали повідомляти про проблеми, з якими вони стикалися при спробі встановити операційну систему на свої пристрої. Для того, щоб вирішити ці проблеми, було випущено оновлення для iOS 9. Однак, як виявилося, апдейт не виправив проблему зі швидкістю роботи системи.
30 вересня Apple випустила друге технічне оновлення iOS 9.0.2.