Міжнародна група біологів вперше опублікувала повну тривимірну модель капсида - захисної оболонки вірусу імунодефіциту людини, що в перспективі дозволить використовувати дані про її утворення для створення вакцини від ВІЛ, йдеться в статті, опублікованій в журналі Nature.
"Капсид ВІЛ володіє двома суперечливими властивостями. Він повинен захищати генетичний матеріал від пошкоджень, але при цьому він повинен швидко розкриватися в той момент, коли він потрапляє всередину клітини. Швидкість розкриття має велике значення - вона повинна бути і не дуже швидкою, і не занадто повільною. Можливо, що нам вдасться використати цей факт на свою користь", - заявив Клаус Шультен (Klaus Schulten) з Іллінойського університету в місті Урбана (США).
Шультен і його колеги отримали перше тривимірне зображення капсида ВІЛ з атомною роздільною здатністю, проаналізувавши дані "мікротомографії" вірусу ВІЛ за допомогою суперкомп'ютера. Для цього біологи розробили особливий комп'ютерний алгоритм, який поступово об'єднав один з одним "шматочки" капсида, інформація про структуру яких була вже відома.
Для створення величезної моделі з 64 мільйонів атомів знадобився суперкомп'ютер Blue Waters з сумарною потужністю 11,5 петафлопс, розроблений компанією Cray за замовленням університету Іллінойсу і Національного центру суперкомп'ютерних додатків. За словами біологів, структура капсида виявилася напрочуд простою - він являє собою мозаїку з 12 "п'ятикутників" і 216 "шестигранників", що складаються з декількох молекул одного і того ж білка.
Ці елементи здатні змінювати свою форму в широких межах, залежно від характеру зв'язків з сусідніми фрагментами "мозаїки". Проаналізувавши їх структуру, вчені виділили особливі потрійні спіралі на кордоні "швів" на поверхні вірусу. За їх словами, дані ділянки вкрай важливі для стабільності вірусної частинки, що дозволяє використовувати такі спіралі в якості "мішені" для майбутніх ліків і вакцин. !zn
Читайте також:
Україна лідирує в Європі за рівнем поширення СНІДу
У США вдалося повністю вилікувати дитину від ВІЛ
Вчені показали еволюцію Всесвіту за 9 мільярдів років у 77-секундному ролику (ВІДЕО)