В.Скубенко був серед 7 народних депутатів, виключених із фракції "БЮТ-Батьківщина" у кінці 2010 року. Причиною стало голосування за Податковий кодекс з поправками президента. Тоді з фракції було виключено також Миколу Баграєва, Олександра Буряка, Євгена Сігала, Степана Глуся, Таріела Васадзе, Петра Гасюка.
До цього, також врозріз із позицією фракції, В.Скубенко проголосував за призначення Віктора Пшонки на посаду генерального прокурора.
На даний момент чисельність фракції ПР досягла 190 депутатів.
