Утворення САП у вигляді самостійного структурного підрозділу Генеральної прокуратури було однією з найгрубіших помилок антикорупційної реформи. Адже самостійність статусу підрозділу означає виключно те, що такий підрозділ не входить до складу інших підрозділів. При тому навіть самостійний підрозділ є частиною органу, котрий має не лише керівника (органу), а й певні усталені підходи до організації та поділу праці загалом. Оскільки САП є підрозділом Генеральної прокуратури, то, відповідно, має підпорядковуватися її організаційному й адміністративному розпорядку. До нього, зокрема, входять питання: штатного розпису і структури (кількості, формату та компетенції структурних підрозділів), матеріально-технічного та фінансового забезпечення, проходження державної служби, роботи канцелярії та режимно-таємої частини тощо.
Про це в своїй статті для DT.UA пише Володимир Петраковський. Тобто, за його словами, у всіх питаннях або аспектах, які прямо не визначені законом, САП підпорядковується розпорядчим та внутрішнім організаційним правилам Генеральної прокуратури або потребує згоди Генерального прокурора. Крім того, перебуваючи у структурі Генеральної прокуратури, САП вимушена взаємодіяти з іншими її структурними підрозділами, наприклад юридичною службою, кадровим підрозділом, департаментом міжнародного співробітництва тощо.
"Тим часом в органах прокуратури неодноразово практикувався підхід, відповідно до якого заступник Генерального прокурора може одночасно бути керівником прокуратури регіонального рівня (чи на правах такої). Наприклад, Давід Сакварелідзе був одночасно заступником Генерального прокурора і керівником прокуратури Одеської області, яка є окремою юридичною особою й має низку організаційних та функціональних переваг перед структурним підрозділом. І саме за аналогічним підходом варто було б утворювати САП, - зазначає експерт. - Такий підхід до організації САП дав би сильну автономію в адміністративному, матеріально-технічному та бюрократичному (у найширшому сенсі) аспектах".
Детальніше про проблеми САП читайте у статті Володимира Петраковського "Антикорупційна прокуратура: два виміри незалежності" у тижневику "Дзеркало тижня. Україна".