Відповідна рекомендація міститься у матеріалах громадської наукової експертизи кримінальної справи, яка відома як «друга справа ЮКОСа».
Окрім того, Слідчому комітету Російської Федерації запропоновано вирішити питання про порушення провадження за нововиявленими обставинами та розслідування підстав перегляду цієї справи у зв'язку з фундаментальними порушеннями, що свідчать про судову помилку.
Зокрема, мова йде про виявлення відсутності в діях фігурантів справи ознак привласнення та розтрати, оскільки дані дії було здійснено за допомогою угод купівлі-продажу, тобто відплатних дій, тоді як розкрадання обов'язково передбачає безоплатність вилучення майна. Робоча група визнала, що суд довільно допустив розширене тлумачення ознак таких складів злочину, як присвоєння і розтрата, що "веде до довільного кримінального переслідування", наголошується у звіті.
У документі також підкреслюється неприпустимість покарання фігурантів справи фактично двічі за одне й те саме діяння. Мова йде про те, що за першим вироком бізнесмени були засуджені за несплату податків з майна, яке, як з'ясувалося у другій кримінальній справі, було викрадено.
Окрім того, робоча група зазначила, що при розгляді справи було порушено принципи розгляду справи суддею, до підсудності якого її віднесено законом, принципи незалежності та об'єктивності суду, змагальності та рівноправності сторін, презумпції невинності.
Президентська рада рекомендувала керівництву країни амністувати засуджених за економічні злочини. Як зазначається у рекомендаціях робочої групи ради, така міра стала б «серйозною передумовою для забезпечення економічного благополуччя у країні і відновлення втраченої суспільної довіри до правоохоронних органів та судів».
Нагадаємо, 30 грудня 2010 року Хамовницький суд Москви засудив Ходорковського і Лєбєдєва до 14 років колонії кожного за звинуваченням у розкраданні 200 млн тонн нафти і відмиванні грошей. 24 травня Московський міський суд залишив чинним вирок екс-голові ЮКОСа Михайлу Ходорковському і колишньому керівникові «Менатепу» Платону Лєбєдєву. У той же час суд знизив покарання М.Ходорковському і Лєбєдєву М. з 14 до 13 років. Таким чином, вони зможуть вийти з в'язниці у 2016 році.
В кінці травня 2011р. до Преображенського суду Москви надійшло подання М.Ходорковського і П.Лєбєдєва про умовно-дострокове звільнення, проте пізніше обидва ув'язнених були етаповані з Москви до місця відбування покарання, після чого суд повернув подання бізнесменів їхнім адвокатам. В даний час М.Ходорковський відбуває термін у колонії міста Сегеж у Карелії, а П.Лєбєдєв - у виправній колонії №14 Вельська.