Стосовно побиття осіб під ЦВК у листопаді 2004 року органами міліції було порушено дві кримінальні справи за ст.293 Кримінального кодексу України (хуліганство). Згодом органи прокуратури їх перекваліфікували на масові заворушення — ст.294 КК України — і передали у провадження до слідчого відділу УСБУ в м. Київ. За результатами розслідування в частині доведення вини окремих осіб Службою безпеки України матеріали направлено до суду. В окреме провадження виділено кримінальні справи стосовно осіб, яких оголошено у розшук. Про це йдеться у спільному повідомленні СБУ і МВС.
Справу щодо отруєння на той час кандидата в президенти України В.Ющенка було порушено 21.09.04 р. Генеральною прокуратурою і 22.09.04 р. прийнято у провадження слідчими органами СБУ. 24.09.04 р. кримінальну справу направлено до Генпрокуратури, яка проводить її подальше розслідування.
Кримінальну справу про посягання на територіальну цілісність України порушено Службою безпеки України 29.11.04 р. за ч.2 ст.110 Кримінального кодексу у зв’язку із заявами окремих представників влади та інших осіб стосовно відокремлення південно-східних регіонів від території нашої держави. Під час слідства було встановлено, що такі заяви проголошували окремі особи, які посідають особливо відповідальне становище, та представники органів місцевої влади, тому, згідно з чинним законодавством, 22.12.04 р. кримінальну справу передано для провадження досудового слідства в Генеральну прокуратуру України.
Кримінальну справу про втручання в роботу сервера ЦВК порушила Служба безпеки України 3 грудня 2004 р. У зв’язку з тим, що в ході досудового слідства було зібрано докази, які свідчили, що до скоєння злочину причетні особи, посади яких віднесені до І—ІІІ категорій посад держслужбовців, кримінальну справу 07.04.05 р., згідно з вимогами Кримінально-процесуального кодексу України, також скеровано до Генпрокуратури.