Екологічні й економічні переваги палива, одержуваного з рослинної сировини, можуть бути трохи перебільшені. Про це попереджають автори низки досліджень, завершених наприкінці минулого й на початку нинішнього року. Так, учені Смітсоніанського інституту вивчення тропіків (Панама) попереджають, що загальне захоплення виробництвом біоетанолу з цукрової тростини може спровокувати вирубування лісів під його плантації. У результаті концентрація парникових газів в атмосфері лише збільшиться й, крім того, станеться порушення однієї з найпотужніших на землі екосистем, зникнення ендемічних різновидів тварин і рослин, виснаження грунту, порушення гідробалансу.
Більш того, застосувавши вдосконалену методику підрахунку парникових газів, які виділяються при згоранні, Йорн Шарлеман і Вільям Лоуренс з’ясували, що екологічні наслідки використання найбільш поширених нині різновидів біопалива істотно різняться між собою. Проаналізувавши 26 його різновидів, учені встановили, що тільки 21 різновид забезпечує під час згорання менше забруднення атмосфери, ніж традиційний бензин — у середньому на 30 відсотків. Проте якщо врахувати весь комплекс екологічних наслідків їх застосування (зокрема й витрати при виробництві), то виправданими виявляться лише 12 різновидів палива.
Крім того, величезні державні субсидії й усілякі гранти в багатьох країнах змушують фермерів переходити з виробництва сільськогосподарських культур на «пальні», внаслідок чого можуть різко подорожчати продукти харчування.